หนึ่งในอาหารยอดนิยมในฮาโกดาเตะคือ "ข้าวหน้าอาหารทะเล" ซึ่งเสิร์ฟในชามข้าวสวยร้อนๆ วางหน้าด้วยอาหารทะเลที่จับได้สดๆ ร้านอาหารที่ปรุงอาหารพื้นเมืองจานโปรดเหล่านี้ กระจุกตัวกันอยู่ที่ตลาดเช้า ("อาสะอิจิ") ซึ่งอยู่ด้านหน้าของสถานีฮาโกดาเตะ

สำหรับอาหารญี่ปุ่นแบบพื้นบ้าน คุณสามารถไปลิ้มลองได้ที่ผับสไตล์ญี่ปุ่น หรือ "อิซาคายะ" ซึ่งมีเหล้าสาเกพร้อมมื้ออาหารเป็นเมนูประจำวัน นอกจากจะเสิร์ฟอาหารอร่อยๆ ที่สร้างสรรค์จากวัตถุดิบท้องถิ่นตามฤดูกาลแล้ว ผับอิซาคายะที่ฮาโกดาเตะยังเปิดโอกาสให้ผู้มาเยือนได้เพลิดเพลินไปกับการพูดคุยกับคนในท้องที่และเจ้าของร้านอีกด้วย

ร้านอาหาร 34 แห่งในฮาโกดาเตะได้รับการแนะนำอยู่ใน "MICHELIN GUIDE Hokkaido 2017" ฟุโมโตะซึ่งเป็นร้านอาหารญี่ปุ่นสร้างสรรค์อาหารญี่ปุ่นรสชาติเยี่ยมโดยใช้วัตถุดิบสดใหม่จากในพื้นที่ นำมาปรุงจนได้เป็นอาหารรสเลิศ และได้รับคะแนนสองดาวในคู่มือนำเที่ยว พนักงานเสิร์ฟหญิงในชุดกิโมโนจะให้บริการคุณด้วยรอยยิ้มภายในห้องส่วนตัวที่ตกแต่งสไตล์ญี่ปุ่น คู่มือนำเที่ยวยังมีรายการร้านอาหารอีกมากมายที่ขึ้นชื่อเรื่องซูชิ อาหารญี่ปุ่น อิตาเลียนและสเปน อย่าพลาดที่จะไปสัมผัสร้านอาหารที่ได้รับการยกย่องจากนานาประเทศเหล่านี้ของฮาโกดาเตะ