สถานีชิน-ฮาโกดาเตะ-โฮกุโตะ สถานีปลายทางของชินคันเซ็น (รถไฟหัวกระสุน) อยู่ห่างจากสถานีฮาโกดาเตะราว 18 กิโลเมตร สามารถขึ้นรถไฟสาย Hakodate Liner ที่เชื่อมต่อกับสาย JR ได้อย่างสะดวกเพื่อไปเที่ยวชมย่านใจกลางเมืองฮาโกดาเตะ
รถไฟด่วนและรถไฟที่วิ่งภายในเมืองเปิดให้บริการวันละ 13 เที่ยว เวลาการเปิดให้บริการจะสอดคล้องกับเวลาออกและเวลามาถึงของรถไฟชินคันเซ็น การเดินทางจากสถานีชิน-ฮาโกดาเตะ-โฮกุโตะ ไปยังสถานีฮาโกดาเตะใช้เวลาประมาณ 15 ถึง 22 นาที ค่าโดยสารราคา 360 เยน
นอกจากนี้ ยังมีรถรับส่งที่ออกเดินทางไปยังสถานีฮาโกดาเตะ โงะเรียวคะคุ (สวนสาธารณะ) บ่อน้ำร้อนยุโนะคาวะ ท่าอากาศยานฮาโกดาเตะ และทะเลสาบโอนุมะ สามารถสอบถามข้อมูลเพิ่มเติมได้จากศูนย์ข้อมูลท่องเที่ยวในอาคารสถานีรถไฟ