垣之島遺跡與展示有國寶的「函館市繩文文化交流中心」博物館相鄰。目前可以確認在9000～3000年前間有部落在此長期生活，是相當珍貴的遺跡。本項遺跡於2021年7月被登錄成為聯合國教科文組織的世界文化遺產。

這個遺跡最大的特徵是U字形（U-shaped）的土堆遺跡。長度190公尺、寬度120公尺，是日本最大的遺跡。在土堆當中除了發現土器以及石器之外，還有被推測為可能是墳墓的洞穴。遺跡內中央處有類似棒球場投手丘模樣的小高地，推測可能是用來作為祈禱用途的特別場所。