大船遺跡與垣之島遺跡距離約10分鐘車程。在這裡發現了數量龐大的居住遺跡，時間大約是5500～4000年前左右。本項遺跡於2021年7月被登錄成為聯合國教科文組織的世界文化遺產。

大船遺跡的特徵是巨大的居住遺跡。大型的遺跡甚至超過直徑10公尺，深度2公尺以上。除此之外，還發現不同時代的居住遺跡層層相疊，由此可以判斷曾經長時間在此居住。